Durante siglos se ha pescado el atún rojo en el Mediterráneo. En la actualidad, la pesquería mediterránea es la más grande del mundo de esta especie.
Las pesquerías más antiguas del mundo: El atún rojo ha sido una parte importante de la cultura mediterránea en los últimos 12.000 años, pescándose desde hace más de 2.600 años.
Capturado tradicionalmente por medio de almadrabas:Tradicionalmente se capturaban ejemplares adultos gigantes mediante el uso de almadrabas en pesquerías artesanales. Este método puede ser muy selectivo y sostenible. Sin embargo, la llegada de los cerqueros de tecnología avanzada y de la pesca con palangre ha sustituido casi por completo a las almadrabas. Todavía quedan algunas, pero sus capturas han descendido hasta un 80% en los últimos años.
Actualmente se captura principalmente mediante redes de cerco: Estas redes son responsables actualmente de cerca del 80% de las capturas en el Mediterráneo. Las flotas operan por todo el Mediterráneo, pero especialmente en el mar Tirreno, mar de Liguria, estrecho de Sicilia, mar Egeo y el mar de Mármara. La mayor flota procede de Francia e Italia.
La mayor parte de las capturas se destinan al engorde en jaulas: En la actualidad, la mayoría de las capturas de este atún en el Mediterráneo se transfieren a las granjas de atunes (jaulas en las que los atunes son engordados principalmente para el lucrativo mercado japonés de sushi y sashimi). En 2006, se transfirieron alrededor de 28,000 toneladas de atún rojo a las granjas del Mediterráneo.
Rápido desarrollo de las granjas de atunes: El número de granjas aumentó exponencialmente desde 1996, en que apareció la primera hasta llegar hoy en día a más de 50. Actualmente se encuentran a poca distancia de la costa en España, Italia, Malta, Croacia, Turquía, Chipre, Túnez y Libia. Esto explica por qué la mayoría de los atunes rojos se capturan ahora en el Mediterráneo mediante redes de cerco (éste es el único método de pesca que permite la captura de atunes vivos para poder engordarlos).
Caracterizado por una sobrepesca masiva: WWF estima que las capturas reales en los últimos años han duplicado la cuota establecida, presentando una de las mayores tasas de pesca ilegal del mundo. Este es un problema enorme y responde a la falta de control en la pesquería y a la fuerte demanda en el mercado internacional. 